Linares: civil, dictador y moralista
El 9 de setiembre de 1857 Linares llegó a la presidencia. De hecho fue realmente el primer Presidente civil del país, ya que Calvo tuvo un paso efímero por la primera magistratura. Igual que Belzu, Linares impuso su fuerte impronta personal.
Obsesionado por el ascetismo, la moralidad y la necesidad de orden como norma de conducta primordial, supeditó todo criterio a estas premisas y muy pronto se declaró dictador (setiembre de 1858), con la idea de que ese era un mecanismo político indispensable para aplicar su programa de limpieza ética.
Por primera vez desde el nacimiento de la república consideró que el ejército era un lastre de gasto y foco permanente de sedición, por lo que redujo drásticamente sus efectivos (de 6.000 a 1.200) y su presupuesto. Comenzó por dar ejemplo de austeridad al reducir su salario y el de su personal de gobierno.
Estableció una secante centralización administrativa a través de la creación de la caja central de pagamentos. Mientras la quina declinaba, la minería se fortalecía con el uso de las maquinas de vapor, vagonetas y carriles. Comenzaban a consolidar su gran poder económico los grandes mineros de la época, Aniceto Arce, Gregorio Pacheco y José Avelino Aramayo, cuyo rol protagónico en política vendría después de la guerra del Pacífico.
En 1857 se descubrieron los primeros depósitos de nitrato en el Litoral y comenzó el crecimiento demográfico y económico de la región, pero el control de este desarrollo económico estaba en manos de capitalistas ingleses y chilenos, no bolivianos.
Linares abrió el camino hacia el librecambismo que fue una tendencia casi inalterable de allí hasta el fin de la guerra del Chaco, si bien su gobierno alentó todavía restricciones en el comercio del mercurio y la acuñación de moneda. Bolivia, que había nacido a la vida independiente con una mayoría abrumadora de población quechua-aymara en el área rural del altiplano y los valles interandinos, vivía en buena parte del tributo indígena que en 1860 representaba el 36% de los ingresos del erario, más del doble que cualquier otro rubro.
El tributo obligatorio no implicaba ninguna retribución del estado a las comunidades indígenas, postergadas y totalmente fuera del circuito económico del país como no fuera para pagar sus tributos. La situación de los indios sin embargo, no había llegado todavía a su punto más crítico. La política intransigente de Linares terminó por generar la conspiración. El fusilamiento de un sacerdote acusado de corrupción y las sanciones implacables para las contravenciones a la ley, dieron lugar a un alto grado de descontento en los sectores acostumbrados a medrar del poder.