La Guerra Federal
En 1898 la aprobación de la ley de radicatoria que forzaba al Presidente a permanecer en Sucre y pedir autorización para salir de la capital, fue el detonante de una confrontación que esperaban La Paz y los liberales. Una junta organizada en La Paz declaró el federalismo.
Alonso partió a Oruro para sofocar la rebelión. Los federales fueron comandados por Pando, quien de modo audaz se alió con los indígenas aymaras liderados por Pablo Zárate Willka. La guerra dejó un saldo de por lo menos 1.300 víctimas entre muertos y heridos.
Las tropas chuquisaqueñas cometieron abusos muy graves, como la masacre de 90 indígenas en Santa Rosa. En Corocoro fueron hostigados y expulsados cuando intentaban pertrecharse. En enero de 1899 Pando derrotó a Alonso en la batalla del primer crucero y lo obligó a desistir de su idea de atacar La Paz.
Los saldos del ejército de Alonso fueron masacrados sin piedad por los comunarios aymaras en Ayo Ayo, el episodio que recuerdan con mayor sentimiento en Chuquisaca. Pero el hecho más terrible fue el de Mohoza, pueblo en el que 130 efectivos del ejército liberal de Pando que a pesar de ser aliados, fueron masacrados por los indios al mando de Lorenzo Ramírez.
En abril, en las proximidades de Oruro, en la batalla denominada del segundo crucero Pando derrotó definitivamente a Alonso, hecho que lo obligó a renunciar a la presidencia. 4.000 combatientes se enfrentaron allí.
La actuación de Zárate y sus hombres fue decisiva para la victoria. La evidencia de que los indios tenían su propio proyecto de una gran insurrección reivindicando sus derechos sobre la tierra, hizo que Pando se deshiciera de Zárate a quien apresó junto a otros líderes indígenas.
Zárate fue muerto en extrañas circunstancias en 1903. La junta integrada por Pando, Serapio Reyes Ortiz y Macario Pinilla, gobernó entre abril y octubre de l899. La bandera federal se arrió casi tan pronto como se había izado. Los liberales tomaron el poder y La Paz se convirtió de hecho en sede de gobierno.
En octubre de 1899 Pando fue elegido Presidente por la convención nacional en Oruro.
